Uzun yıllardır insanlardan uzak bir diyarda yaşayan Nijja kaplumbağalar ve ustaları Splinter, dünyanın esrarengiz güçler tarafından rehin alınmasından dolayı tekrar dünyaya gelip dünyayı kötü güçlerden kurtarmak ve yok etmek için büyük bir savaşın içerisine gelirler. Ancak bir o kadar güçlü olmayan kaplumbağalar, düşmanlarına karşı galip gelmeleri için eski güçlerine sahip olmaları gerekecektir. Bunun için de ustaları Splinter, kaplumbağaların eski gücüne kavuşması için elinden gelen her şeyi yapmaya çalışacaktır.
